3x01 "The Xindi" [Die Xindi] Die Enterprise bekommt den Hinweis, dass ein Xindi sich in einer Minenkolonie aufhält.
3x02 "Anomaly" [Die Anomalie] Die Enterprise wird durch überfallen und wichtige Vorräte gestohlen.
3x03 "Extinction" [Transformation] Archer verfolgt eine Spur zu einem Planeten mit ungewöhnlich starker Vegetaton.
3x04 "Rajiin" [Rajiin] Archer trifft auf eine Prostituierte, die Informationen über die Xindi anbietet.
3x05 "Impulse" [Impulsiv] Die Crew trifft auf das verlorengegangene vulkanische Raumschiff.
3x06 "Exile" [Exil]
3x07 "The Shipment" [Die Ladung] Durch einen Telepathen entdeckt die Enterprise eine Waffenfabrik der Xindi.
3x08 "Twilight" [Dämmerung] Archer erleidet einen schweren Hirnschaden, als er von einer Anomalie getroffen wird.
3x09 "North Star" [Faustrecht] Die Crew landet auf einem Planeten wo Menschen im Wilden Westen leben.
3x10 "Similtude" [Ebenbild] Bei einem Experiment am Warp-Antrieb wird Tucker schwer verletzt und er fällt in ein Koma.
3x11 "Carpenter Street" [Carpenter Street] Archer und T'Pol reisen in die Vergangenheit um eine Gruppe Xindi-Reptilien aufzuspüren.
3x12 "Chosen Realm" [Das auserwählte Reich] Die Enterprise wird von religösen Fanatikern gekarpert.
3x13 "Proving Ground" [Testgebiet] Die Enterprise bekommt in der Ausdehnung unerwartete Hilfe von den Andorianern.
3x14 "Stratagem" [Kriegslist] Archer bediehnt sich einer ungewöhnlichen und unfairen List, um an wichtige Informationen zu gelangen.
3x15 "Harbinger" [Der Vorbote] Als Archer das Mysterium eines geretteten Fremden zu enträtseln versucht, explodieren bei seinen Senioroffizieren lang siedende Gefühle...
3x16 "Doctor's Orders" [Auf ärztliche Anweisung] Der Doktor übernimmt das Schiff während die Crew in einer Art Stasis verweilt.
3x17 "Hatchery" [Brutstätte] Die Enterprise entdeckt ein Wrack von einem Xindi-Schiff das scheinbar unbewohnt ist.
3x18 "Azati Prime" [Azati Prime] Die Enterprise erreicht den Ort wo die Xindi die Waffe bauen.
3x19 "Damage" [Beschädigungen] Die Enterprise befindet sich im Kampf gegen die Xindi und das Schiff ist sehr beschädigt.
3x20 "The Forgotten" [Die Vergessenen] Archer kann den Xindi-Rat zu einer Startverzögerung bringen, aber ohne Beweis dauert die Verzögerung nicht mehr lange.
3x21 "E²" [E²] Die Enterprise entdeckt bei den Koordinaten eines Xindi-Subraumvortexes ein weiteres Schiff der Sternenflotte.
3x22 "The Council" [Der Rat] Die Enterprise versucht die Xindi davon zu überzeugen, dass die Menschen nicht die Bedrohung sind.
3x23 "Countdown" [Countdown] Archer versucht auch die anderen Rassen der Xindi auf seine Seite zu bringen.
3x24 "Zero Hour" [Stunde Null] Die Enterprise versucht die Reptilien daran zu hindern die Erde zu zerstören.