2x01 "The Siege (3)"
[Die Belagerung (3)]

Atlantis wird von den Wraith angegriffen und Lt. Ford scheint nicht mehr der zu sein der er einmal war...

2x02 "The Intruder"
[Der Eindringling]

Die Angriffe der Wraith sind vorbei und einige des Atlantisteams fliegen mit der Daedalus zur Erde...

2x03 "Runner"
[Der Läufer / Dromoys]

Sheppards Team macht sich auf die Suche nach Ford und begegnen Ronan Dex, der seit 7 Jahren von den Wraith gejagt wird...

2x04 "Duet"
[Duett]

Während einer Mission geschieht etwas mit McKay und Lt. Cadman. Beide werden miteinander verschmolzen...

2x05 "Condemned"
[Verurteilt]

Auf einem Planeten werden die Bürger von den Wraith in Ruhe gelassen, doch der Anführer hat ein Abkommen mit ihnen...

2x06 "Trinity"
[Dreifaltigkeit / Das Geheimnis der Antiker]

McKay experimentiert an einer neuen Antiker-Technologie und Ronan Dex trifft auf überlebende seines Volkes...

2x07 "Instinct"
[Instinkt]

Sheppards Team trifft einen älteren Mann der ein Wraith-Mädchen, vor den Dorfbewohnern, versteckt hält...

2x08 "Conversion"
[Die Verwandlung]

Col. Sheppard hat sich mit einem Retrovirus infiziert. Nun verwandelt er sich in einen Wraith...

2x09 "Aurora"
[Aurora]

Das Atlantis-Team entdeckt ein Kriegsschiff der Antiker im All und alle glauben es sei verlassen...

2x10 "The Lost Boys (1)"
[Die verlorenen Männer / Das Enzym]

Auf einem Planeten findet man endlich den vermissten Lt. Ford. Doch er ist feindlich gesinnt und nimmt das Team gefangen...

2x11 "The Hive (2)"
[Bienenstock / Im Netz der Königin]

Ford und seine Anhänger wollen ein Wraith-Basisschiff entern und Sheppard wird von den Wraith geschnappt...

2x12 "Epiphany"
[Offenbarung / Epiphanie]

Sheppard geht durch eine Pforte der Antiker und trifft auf eine Gruppe von Menschen, die kurz vor ihrem Aufstieg stehen...

2x13 "Critical Mass"
[Kritische Masse / Die Goa'Uld schlagen zu]

Ein Peilsender auf Atlantis lockt die Wraith an. Den Peilsender hat jemand von der Erde platziert...

2x14 "Grace Under Pressure"
[Unter Druck / Halluzinationen]

McKay steckt in Schwierigkeiten. Er ist in einem Puddle Jumper gefangen, welcher sich Kilometerweit unter Wasser befindet...

2x15 "The Tower"
[Der Turm]

Das SG-Team besucht einen Planeten auf dem ein Turm mit einem Antiker-Verteidigungsstuhl steht. Nur eine Person kann ihn steuern...

2x16 "The Long Goodbye"
[Der lange Abschied / Phoebus und Thalan]

Weir und Sheppard werden von zwei Außerirdischen übernommen und werden zu einer Bedrohung für Atlantis...

2x17 "Coup D'etat"
[Coup D'etat / Der Staatsstreich]

Teyla findet eine Liste mit den Namen von Sheppard, McKay und Major Lorne. Ein ehemaliger Genii-Agent hat diese Liste geschrieben...

2x18 "Michael"
[Michael]

Michael Kenmore, ein Soldat auf Atlantis, leidet unter Gedächtnisverlust. Er weiß nichts mehr aus seinem Leben...

2x19 "Inferno"
[Inferno]

Sheppard und sein Team werden auf einen Planeten gerufen um den Bewohnern zu helfen, die von Erdbeben bedroht werden...

2x20 "Allies"
[Die Verbündeten / Das Bündnis]

Michael, der Wraith der mittels Retrovirus zu einem Menschen gemacht wurde, taucht an Bord eines Wraith-Basisschiffes auf...