Der Film beginnt im Jahre 2003, sieben Monate nach Ende des Vorgängers 28 Days Later. Durch das Virus ist ganz England entvölkert, doch nun erklärt die US-Armee, dass das Virus besiegt sei und beginnt mit der Wiederbevölkerung Englands. Zunächst werden Einwanderer in London angesiedelt, doch dann taucht das Virus erneut auf.
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