Die Maschinen attackieren in einer Serie von Sturmangriffen die letzte Zuflucht der beseelten Menschheit, die unterirdische Stadt Zion. Währenddessen macht sich ein blinder Neo an der Seite seiner Geliebten und Kampfgefährtin Trinity auf in das Herz der Welt der Maschinen, um dort einen Frieden auszuhandeln. Dabei steht ihm wie so oft im Wege: Neos Erzfeind, der sich weiterhin munter replizierende Agent Smith..
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